苯丙酮尿症明确诊断以后，最开始治疗是停止普通的奶粉和母乳，喂养不含苯丙氨酸的奶粉。 经过一段时间的治疗，血中的苯丙氨酸下降之后，提倡慢慢地添加正常饮食，这时母乳是首选，但不是完全变成母乳喂养。要根据患儿血中苯丙氨酸的浓度，进行个体化的制定，不要擅自停止喂养不含苯丙氨酸的奶粉，肯定是不可取的，要根据治疗方案调整。
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