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闭锁位置越高，预后越好。早期诊断早期治疗，才能提高治愈率，否则多在一周内死亡，死于继发性穿孔、腹膜炎、肠坏死、吸入性肺炎等。因常为早产儿，并伴有其他较严重畸形，病死率高达40%。对于进行肠切除肠吻合的患儿，术后常见的并发症包括吻合口瘘和吻合口狭窄，瘘好发于低位肠闭锁，而吻合口狭窄容易发生在十二指肠和空肠起始部闭锁。对于暂时行肠造瘘的患儿，可能出现造瘘口坏死、回缩等并发症。此外，部分患儿出现严重感染、电解质紊乱等全身并发症。
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