胆总管囊肿属于中等规模的手术，很多单位也可以在微创的腹腔镜下完成手术。手术难度跟病人的情况不同会有区别。很少会发生感染，切除囊肿比较容易，手术操作风险不是很大。在一些反复发生胆管炎、反复发生感染、囊肿壁增厚很明显、囊肿壁充血明显的病人，在手术当中操作还会比较困难。在切除囊肿壁的时候会发生大量的出血，会有一定的难度。还有一部分病人囊肿壁已经发生癌变，肿瘤已经侵犯了周围重要的血管，比如门静脉、肝动脉，切除会有困难或者根本无法进行切除。
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