目前认为肝血管瘤的主要的发病的机制、机理及原因并不十分清楚，临床上大部分的学者认为肝血管瘤的发生发展与先天性因素相关，主要是在胚胎发育期，肝脏血管，肝脏血管的末梢，毛细血管的内皮细胞异常增生，形成了海绵样的增生，所以说肝血管瘤在临床上也称肝脏海绵状血管瘤。 第二种学说也认为，肝血管瘤的发生与感染因素有关，主要是指在胚胎时期或者新生儿时期发生了肝脏内部血管 ，尤其是毛细血管的炎症所引起的内皮细胞的异常增生或者是畸形引起的毛细血管异常增生，形成的海绵状血管瘤。
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