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肝血管瘤的发生机制目前仍不明确，关于肝血管瘤的发生发展，甚至基因改变正在研究当中，一般大多数学者认为肝血管瘤的发生与先天因素相关，都是在胚胎发育过程中，肝脏毛细血管末梢畸形引起来的。 在人体的胚胎发育期，肝脏的毛细血管末梢发生畸形，形成海绵样增生，所以在临床肝血管瘤也叫肝脏的海绵状血管瘤。另外一种学说也认为肝血管瘤的发生与感染相关，这是在人体的胚胎发育期，甚至是新生儿期，肝脏的末梢毛细血管发生炎症，引起的肝脏末梢血管内皮细胞异常样的增生，形成的血管瘤。
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