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肠道菌群失调可以吃益生菌，或者含有益生菌的乳制品进行调节，比如酸奶。 肠道菌群与很多疾病相关，部分患者肠道功能的紊乱与肠道菌群有关，比如功能性消化不良的患者，除了调节肠道功能外，配合服用益生菌，可能会缓解症状。在临床上便秘或者腹泻的患者应用益生菌后，症状也可以得到改善。 但是肠道菌群是相对比较稳定、自我调节能力较强的生态系统，并不是随便就可以调节。即便是个别原因引起肠道菌群的紊乱，肠道菌群通过自身的调节和相互作用，也可以进行自我调节。
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