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新生儿房缺的根本原因在于原始房间隔在胚胎发育过程中，不能与心内膜垫接触，原始房间隔上会呼吸过多，或继发隔发育障碍，导致先天性畸形。一般起始于胚胎发育的第4周，与母体环境外界的环境有密切的关系。产妇在妊娠过程中继发病毒感染、滥用药物，会提高胎儿发育畸形的可能。产妇患有内分泌疾病，会提高先天性心脏病的发生概率。部分患儿与遗传基因有密切的联系，受到染色体变异的影响。另外，妊娠期产妇长时间受到电离辐射，放射性元素刺激会提高一系列发育畸形的可能性。
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