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新生儿幽门梗阻的原因有以下几点：1. 遗传性新生儿幽门梗阻有遗传性，也有家族聚集性发病的可能性。2. 环境因素，很多人认为新生儿幽门梗阻是跟环境因素有关系，因为有季节性发病的机会，很多时候都是在春秋季发病。3. 跟激素有关系，有一部分研究认为胃泌素的增高会造成新生儿幽门梗阻的发生。4. 跟新生儿幽门环肌的神经节发育异常有关系。也有一部分认为幽门环肌的肌纤维发育缺如，会引起新生儿由门梗阻的发生。
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