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随着腔镜技术、微创技术的提高，有很多高位肛门闭锁完全可以在出生以后1期手术就能够治愈，最多就是做2次，1期做肛门成形加上造瘘，2~3个月左右再关一次瘘就可以了。高位肛门闭锁治疗难度要大一些。传统的治疗方法分三期手术，第1期先做一个结肠造瘘，能先让孩子正常的排便，正常的吃奶，等孩子营养健康、营养状态发育好，能够耐受手术。肛门周围的肌肉、括约肌发育的更好，解剖结构更清楚一些，在3~6个月的时候可以做肛门成形，肛门成形以后再做一次关瘘手术。传统的高位肛门闭锁要做3次手术。
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