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控制非洲锥虫病的基础，是普查并治疗大量的无症状感染者，特别是淋巴结肿大者，同时治疗患者及加强管理家畜。进入未经处理的舌蝇滋生地区时，应加强个人防护。包括穿长袖上衣和长腿裤，穿着明亮色彩的衣服，睡眠时用蚊帐，使用驱虫剂等，均可防御舌蝇的侵袭。消灭舌蝇：改变媒介昆虫孳生环境，如清除灌木林，喷洒杀虫剂等措施。非洲椎虫病患者如果脑脊液无异常者经治疗预后良好。脑脊液明显异常者预后不良，治愈率仅30%。两型人型锥虫病，未经治疗者，均可致命。
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