非洲椎虫病的主要临床症状为个性改变、呈无欲状态。出现异常反射，如深部感觉过敏、共济失调、震颤、痉挛、嗜睡昏睡等。锥虫性“下疳”应与其他昆虫叮咬、蜂窝织炎或焦痴作鉴别。淋巴血液期应与疟疾、伤寒、回归热、病毒性出血热等发热疾病相鉴别。晚期应与脑性疟疾、病毒性脑炎、细菌性脑膜炎的急性期、结核性脑膜炎、神经梅毒和脑脊液中以单核细胞增加为主的各种脑膜炎或脑膜脑炎相鉴别。应注意本病偶有梅毒血清试验阳性者。
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