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肝囊肿一般不会发展成肝癌，肝癌常见的是肝细胞肝癌，和乙肝、丙肝、酒精肝的发生有关。还有胆管细胞性肝癌，也和乙肝、肝炎、脂肪肝，以及环境污染等有关。真性肝囊肿基本是不会发生恶变的。有一些肝脏的囊性肿瘤，如肝脏囊腺瘤、浆液性的囊腺瘤以及浆液性的囊腺癌，是低度恶性的肿瘤，可以进行手术切除，术前鉴别诊断比较困难，需要靠病理进行诊断。肝脏和胆管相关的，比如先天性的胆总管扩张，还有肝内的乳头状囊液腺瘤，也需要进行手术处理。
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