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肠闭锁确诊后，应在纠正水、电解质的紊乱及酸碱平衡失调后，立即手术治疗。在手术前应充分评估患儿一般情况，行必要的实验室检查，给予抗感染、补液、维持电解质平衡等准备，并备血，积极进行手术准备。术中探查如为膜式闭锁应做隔膜切除或肠切除肠吻合；如为盲段式闭锁，则做端端吻合，术中应切除闭锁近端扩大肥厚、血供差的肠管，以防止发生术后吻合口通过障碍。对于结肠闭锁多先作结肠造瘘，待二期行肠吻合术。
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