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一般先天性肝囊肿危害与囊肿多少或者大小有关。如果囊肿单发、比较小，或者多发、比较小，都不会影响肝脏功能，囊肿不会有危害。但是部分囊肿长在肝脏比较接近肝包膜表面的部位，体积比较大，可能会由于剧烈撞击，导致囊肿破裂。如果囊肿里面有积液，可能会导致腹腔内的积液、感染等。所以部分囊肿，如果达到四、五个公分以上的程度，甚至更大，或者接近肝包膜表面，建议尽早进行干预治疗，可以选择抽液、囊壁的封闭治疗，或者部分肝叶切除等相应的治疗手段。
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