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胃肠功能紊乱的主要症状有上腹不适、恶心、反酸、烧心，这些消化不良的症状。有的人可能还会出现便秘，有的人可能会出现腹泻，跟饮食和生活习惯有关系。有的人可能跟情绪紧张有关系，或者跟这一段时间内突然出现一个精神的打击有关系。当有胃肠功能紊乱症状出现的时候，要进行检查，排除胃肠道的器质性疾病，比如消化性溃疡、肝胆的器质性疾病，还有胰腺的器质性疾病、肠道的器质性疾病，这些都需要进行相关的检查排除的，排除了这些之后，才能下胃肠功能紊乱的诊断。
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