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胆囊萎缩可能是由于胆囊结石导致胆囊中仅存在少量胆汁，致使胆囊功能受到影响而引起。
胆囊的整个囊腔被结石全部占满，几乎没有或只有少量的胆汁，胆囊正常的功能受到影响，没有胆汁的充盈，胆囊的胆汁排泄也长期受到影响，胆囊长期处于无所事事的状态，慢慢的会体积缩小功能丧失。
还可能是由于ERCP对胆道的结石、胆道肿瘤进行的干预，胆道正常的解剖进行破坏，胆道压力丧失。
肝脏排泄的胆汁通过胆道直接进入十二指肠，不再进入胆囊或只有少量的胆汁进入胆囊，去进行浓缩、储存的生理过程，胆囊在慢慢的废退过程中也发生萎缩。
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