胃肠炎最常见的病菌是病毒感染。胃肠炎可以由多种不同类型的病毒引起,但主要类型是轮状病毒和诺如病毒。轮状病毒是世界上引起婴幼儿腹泻最常见的原因,诺如病毒是美国引起严重胃肠炎和食源性疾病暴发的最常见原因。
尽管大肠杄菌和沙门氏菌等细菌并不常见,但也会引发肠胃感冒。另外沙门氏菌和弯曲杄菌是引起胃肠炎最常见的细菌,通常通过未煮熟的家禽、鸡蛋或鸡汤等进行传播。
沙门氏菌还可以通过其它类型宠物或活禽传播。而常在幼儿园传播的是另一种细菌叫志贺菌。志贺菌通常在人与人之间传播,常见感染源是受污染的食物和饮用水。
寄生虫也能引起胃肠炎,但并不常见。
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