大部分的肛瘘是由肛周脓肿引起。因此,内口多在齿状线上的肛窦处,脓肿自行破溃或者切开引流后形成外口,位于肛周皮肤。既然大部分肛瘘是由肛周脓肿所引起,而引起肛周脓肿的病因主要是由于肛腺感染,也就是说肛瘘的病因与肛腺感染也存在极大的关系。
由于外口生长较快,常常使脓肿假性愈合,导致脓肿反复发作、破溃或切开形成多个瘘管和外口,使单纯性肛瘘成为复杂性肛瘘,瘘管由反应性的致密纤维组织包绕,管腔内为炎性肉芽组织,后期腔内可以上皮化。其次,结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等特异性炎症、恶性肿瘤、肛管外伤感染也可以引起肛瘘,但是在临床上比较少见。
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