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大动脉转位手术有后遗症。完全大动脉转位手术比较复杂，需要把两个大血管切断，另外把跟随的冠状动脉重新移植。手术量很大，手术时间很长，并发症很多，并发症全部治愈没有后遗症，如果并发症处理不好，就会出现后遗症。常见的后遗症是肺动脉狭窄，可能出现再次梗阻，需要再次手术。冠脉移植后，可能出现心肌缺血等一系列后遗症。
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