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骨髓移植后发生排异反应，常见的就是急性GVHD，主要的侵犯就是皮肤，也分为不同的程度，可以有轻度的局部皮疹，严重的时候可以出现全身广泛的皮疹，皮肤起疱和剥脱。 对于肺的侵犯，排异反应主要就是慢阻肺的表现，出现肺部间质的改变表现。对于肠道的排异反应，主要是腹泻，甚至严重的情况下，会出现肠道功能紊乱所导致的肠梗阻表现。 慢性的GVHD和急性GVHD所侵犯的部位大致相同，因此，排异反应之后也会继发感染的加重。
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