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儿童也会内分泌失调。 比如先天性甲状腺发育不全或缺如会引起儿童甲状腺功能减退，从而导致呆小症的发生，严重的影响患儿身高和智力发育。 还有年龄较小的女孩出现乳腺增生，甚至有月经来潮，可能都与内分泌功能紊乱有关。 性腺功能的异常，先天性的性激素分泌不足会导致儿童青春期的异常，性腺性器官发育不全最终可能会导致不孕、不育。 所以儿童的内分泌功能紊乱也常见，大多数与遗传基因变异有关系。同时还要注意母体也有携带疾病的可能，从而也可能影响到儿童的内分泌代谢功能。
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