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扁桃体炎是主要是由细菌感染引起的，最常见的致病菌乙型溶血性链球菌，其他常见的有葡萄球菌，肺炎球菌，流感杆菌等，病毒引起的相对少一点，有腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等。有些细菌、病毒会长期地潜伏在人体内，人体抵抗力正常的时候是不发病的，当人体比如受凉、熬夜、烟酒刺激等抵抗力下降以后会引起发病。慢性扁桃体炎经常是由于急性扁桃体炎反复发作或因为扁桃体隐窝的引流不畅，反复发作引起的。
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