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重叠综合症和其他的免疫系统疾病也是一样的，目前认为发病的因素是多因素。主要是跟环境的因素，比如紫外线。遗传的易感因素，大多数的免疫疾病的遗传易感基因都是多个基因的，不是单个基因的。感染因素就是EB病毒的感染、还有巨细胞病毒这些关系比较大，性激素比如红斑狼疮，跟雌激素水平就非常密切。药物比如利福平、普鲁卡因、还有丙基硫氧嘧啶、甲巯咪唑等，这些因素都会导致免疫系统的紊乱，最终引起这类疾病的发生。
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