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患者要确诊肺结核，一般需要查到结核分枝杆菌或培养出分枝杆菌，才是确诊的依据。细菌学的检查主要是痰结核菌检查，又分为痰涂片检查和痰结核菌培养。
痰结核菌检查的准确性较高，痰中查出结核菌，即可确诊患结核病，但有阳性率低的缺点。痰结核菌培养一般需要6~8周，现实应用中受到限制。其他的检查还包括结核菌素试验、γ干扰素释放试验、气管镜等。
痰菌涂片阴性的患者可以做胸部影像学检查，包括X线和CT检查。X线可以早期发现结核病，还可以了解发病情况以及用于治疗效果的判断。CT可以检查肺部的病变。
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