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除耐药的革兰阴性杆菌和真菌所致的心内膜炎者外,多数患者可获细菌学治愈。但本病近期和远期病死率仍较高,治愈后的5年存活率仅60%~70%。10%在治疗后数月或数年内再次发病。亚急性感染性心内膜炎较急性感染性心内膜炎治愈率更高,预后更好。亚急性感染性心内膜炎病因以草绿色链球菌最为常见。未治疗的急性患者几乎均在4周内死亡。而亚急性者的自然病史大于等于6个月半年。
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