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第三代试管婴儿成功率比较高，大多数能达到60%左右。因为一代、二代试管婴儿多数双方都存在问题，比如子宫内膜异位症，双侧输卵管梗阻等，或者有病理因素存在，所以试管婴儿的成功率略低。 三代试管婴儿部分群体是有遗传性的疾病、有单基因的疾病，或者是因为染色体异常导致反复流产的病人，这些人基本上不会存在一代、二代试管婴儿的不利因素。 另外，囊胚本身的种植率就比较高，所以三代试管相对成功率略高。
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