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胆囊结石手术的风险一般不大，但不能保证100%没风险。主要与患者胆囊局部的解剖结构有关，还与患者的炎症病程有关。胆囊、胆囊管、肝总脉、胆总管的正常解剖关系，是胆囊管呈45度角从肝总管的侧旁汇合，汇合后形成胆总管，这种正常的位置大概只占36%。如果胆囊管太短、太粗、太长，且开口不是在肝脏右侧，而是在左侧，甚至在肝门部等，会导致胆总管发生变异。
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