胆囊萎缩主要是因为胆囊产生炎症，促使胆囊壁变厚，甚至胆囊管变狭窄，胆囊储存胆汁和排出胆汁的功能会相对减弱。原本十二指肠乳头收缩时，胆汁会在胆囊内储存，如果胆囊管变狭窄，胆汁通过不畅，胆囊壁会变厚，腔会变小，胆囊的功能会相应的丧失。因为胆囊本身的功能是储存、浓缩和排出胆汁，如果不能再储存、浓缩、排出胆汁，会出现废用萎缩样的表现，再加上炎症，就会出现胆囊萎缩。如果患者的结石较多，导致胆汁无法通过胆囊，也会出现胆囊萎缩。
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