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严重的肝内胆管结石可能会影响肝。因为严重的肝内胆管结石会影响转氨酶的升高，对肝脏造成一定影响，甚至会出现胆汁淤积。胆汁淤积典型的表现即化验血表现出γ-谷氨酰转肽酶或碱性磷酸酶的升高。 肝内胆管结石一般由于位置较特殊，在肝内较难排出，但如果结石较小，有一定排出的可能性。肝内胆管结石在腹部的B超上会出现强回声，有时很难与肝内的钙化灶相鉴别。 肝内胆管结石如果较严重可能需要进行手术治疗，但不是所有患者都需要手术，因为大多数人肝内胆管结石病情相对会较平稳。
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