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大多数丙肝病人经过自发的丙肝病毒清除，或者抗病毒治疗后，一般不会再复发。但比如原来感染的是一型的丙肝，经过抗病毒治疗后，被另外一种基因型的病人感染，可能会导致丙肝重复感染。 这种情况一般见于难治的基因三型，或者是病人在抗病毒治疗过程当中用药不规范，或者没有完成足够的疗程。丙肝的复发一般是在停止治疗三个月以内，如果三个月以内不复发，大多数就不会再复发。
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