糖尿病的手术后遗症主要有近期和远期的并发症。 术后近期并发症主要是手术后相关的问题。手术以后重建了消化道，在完成重建消化道手术操作过程中，重建了胃肠吻合口和肠肠吻合口。近期容易出现吻合口的出血、吻合口的狭窄、吻合口的梗阻以及手术切口的感染、愈合不良、愈合延迟。 手术后远期并发症主要是营养相关的并发症。手术改变了消化道的流通方式，一定程度上的限制了对食物的消化吸收。会表现在对于营养摄入或吸收方面的障碍。比如维生素和微量元素。
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