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粒子植入治疗最主要的副反应有穿刺部位的出血，或者是胸部穿刺以后造成的气胸等不良反应。 在进行粒子植入治疗之前，通常会考虑患者病情是否需要接受粒子植入治疗。对于决定进行粒子植入治疗的患者也会进行精密的计划，来计算患者穿刺的部位、穿刺的角度、粒子的多少等等，也包括周围的这种危机器官保护。 一般还会制定一些预案，对于放射性粒子植入治疗过程当中可能出现的一些并发症，进行积极的处理。
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