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甲胎蛋白是肝癌特异性的标志物，但是甲胎蛋白升高不一定是肝癌，还有其他的因素也可以导致甲胎蛋白升高。 如活动性肝炎会使甲胎蛋白升高，以及生殖源性肿瘤也会导致甲胎蛋白明显升高。另外女性怀孕时甲胎蛋白也会明显升高，是正常的现象并不是疾病的表现。 但是，甲胎蛋白如果连续超过4个星期以上高于400，此时要高度怀疑是肝癌。而甲胎蛋白的短暂性、一过性升高，则不能判定是肝癌。
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