毛囊炎和痘痘属于发病机制完全不同的两种疾病。毛囊炎多见于细菌感染性毛囊炎，是毛囊部位出现金黄色葡萄球菌，或表皮葡萄球菌过度繁殖而造成的毛囊炎症化脓的反应。痘痘就是痤疮，通常和遗传有关，在遗传因素和雄激素等作用下，会诱发毛囊皮脂腺导管角化过度，痤疮丙酸杆菌过度繁殖毛孔堵塞，局部出现炎症反应。因为毛囊炎和痘痘两者的发病机制不同，所以选择的治疗方法也不同。毛囊炎和痘痘有时可能会混杂在一起，治疗需根据临床表现选择不同的药物，对症治疗。
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