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口腔菌群失调可通过应用药物进行治疗。患者可以应用碳酸氢钠溶液擦拭口腔或者漱口，也可以外用龙胆紫等。同时可以口服乳酸菌素颗粒或者是制霉菌素片等抗真菌类药物进行治疗。对于难以愈合的溃疡面，必要时，可以应用细胞生长因子等治疗。口腔菌群失调是由于过多地使用了抗生素，导致机体内菌群失调，从而引起口腔内菌群失调，造成口腔黏膜红肿、疼痛、溃烂等。平常患者应注意休息，保证充足的睡眠，注意口腔卫生，多吃新鲜的瓜果、蔬菜，少吃辛辣刺激性的食物。
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