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肺泡蛋白沉积症是呼吸系统的罕见疾病，是因为磷脂蛋白在肺泡内堆积导致。通常肺脏有大量的巨噬细胞，可以吞噬比较多的物质。正常肺脏会分泌磷脂蛋白，而巨噬细胞会吞噬磷脂蛋白。 但由于职业环境因素、自身免疫病或者自身产生了粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子的抗体等，可以导致巨噬细胞失去正常的功能。 磷脂无法清除，会堆积在肺泡腔内，堆满后若进行气管镜可以灌出牛奶样的物质，而正常的肺泡灌洗液应该比较清亮。
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