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小儿房间隔缺损手术，可能出现体外循环的并发症。比如出现脑神经的并发症，出现脑功能损害，可能出现气栓、血栓等。体外循环的治疗，还可能出现中枢神经的并发症，其他包括呼吸功能障碍、刀口感染、心功能不全等并发症。因为做体外，心脏要停跳，对心肌的保护程度，会影响术后的恢复。如果保护到位，不会出现大的并发症。如果出现意外，甚至可能出现房缺。
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