超声心动图发现赘生物、瓣周并发症等支持心内膜炎的证据，可帮助明确感染性心内膜炎诊断。大部分情况只需行经胸超声心动图检查，当存在人工机械瓣、检测右心系统病变及检测心肌脓肿时，才需行经食管超声心动图检查。超声心动图未发现赘生物时并不能除外感染性心内膜炎，必须密切结合临床。感染治愈后，赘生物可持续存在，除非发现原有赘生物增大或新赘生物出现，否则难以诊断复发或再感染。超声心动图和多普勒超声还可明确基础心脏病。
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