小三阳转阴，通常有两种情况。一般乙肝病毒DNA阳性的小三阳患者，经过抗病毒治疗药物的使用，乙肝病毒DNA转阴了，病毒转阴了，肝功能也会恢复正常。病情可以保持稳定，不再往下发展，不再发展成肝纤维化，甚至肝硬化。这些目标在大部分的抗病毒治疗的患者中，都可以达到。如果小三阳的患者病毒转移了，乙肝表面抗原会转阴。与患者自身的免疫状态，也就是与自身的抗病毒能力密切相关。乙肝病毒比较顽固。目前，还没有彻底清除或杀死乙肝病毒的药物。
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