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颅底凹陷症的病因至今还没有完全搞清楚，但是至少我们很明确的说它是一种良性的病变。另外一个它是一种先天性的病变，并不是后天获得的。所谓先天性病变就是胎儿在母亲的子宫中，整个神经系统在生长发育过程中出现了异常。那么颅底凹陷症主要就是颅底的骨质发育异常，它向内凹陷，进而压迫相应的小脑、后组颅神经、炎髓以及上颈部的颈脊髓，这些结构造成的相应的症状。颅底凹陷症不引起明显的症状的时候，完全可以没有必要进行外科手术治疗，但是当引起相应的症状的时候，往往就需要做手术了。
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