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小儿脑炎的危害取决于引起炎症反应的病因、炎症反应的程度、炎症损伤的部位和持续时间的长短。病毒造成的危害比较轻，而细菌引起的危害比较大。如果炎症反应轻，部位在一些非功能区，不是特别重要的局部区域，危害会比较少，或者有轻微的一过性的危害，长期就可以逐渐恢复。炎症反应比较重，又是重要功能区的大面积损伤，危害就比较严重。会出现脑炎后癫痫、脑炎后偏瘫、脑炎后语言功能障碍、智力低下，严重可能会危及到孩子的生命。
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