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有两个危害，一个是近期的危害，一个是远期的危害。近期的危害就是间质性肺炎的治愈率相对普通肺炎比较低，病人即使经过积极的救治也会失败导致死亡。远期的危害，有些病人是没有死亡，但会在肺里残留永久的肺间质纤维化表现，纤维化的表现就会对今后的生活造成肺功能下降，而且纤维化还会随着年龄的增加缓慢的进展。要早期诊断，通过支气管肺泡灌洗液早期拿到致病微生物，通过血气分析早期给予这种机械通气的支持治疗，以得到比较好的预后，否则危害是相当大的。
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