肾盂癌的原因有原发性病变、肾结石刺激等等。原发性的就是病因尚未明确。但肾盂癌是能够找到原因的，比如肾脏的结石进行刺激，整个肾盂的表面尿路上皮受损，反复地损伤之后，导致尿路上皮恶变，也是导致肾盂癌的因素。有的时候在做手术的时候，由于结石会占着空间，并没有发现有肾盂癌，当把结石清除之后，发现下边的肾盂黏膜不正常，甚至有肿物发生，就要注意那可能是合并肾盂癌的产生。肾盂癌的机制到目前为止还没有完全阐明，但危险因素可能是吸烟、化学药物、药品。化工厂化学物质的刺激影响也是引起因素。
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