沙眼主要和其他滤泡性结膜炎相鉴别。慢性滤泡性结膜炎,原因不明,常见于儿童及青少年,皆为双侧。下穹窿及下睑结膜见大小均匀、排列整齐的滤泡,无融合倾向。结膜充血并有分泌物,但不肥厚,数年后不留痕迹而自愈,无角膜血管翳。无分泌物和结膜充血等炎性症状者称为结膜滤泡症,一般不需治疗,只有在有自觉症状时才按慢性结膜炎治疗。春季结膜炎,睑结膜增生的乳头大而扁平,上穹窿部结膜无病变,也无角膜血管翳,睑结膜刮片涂片可见大量嗜酸性细胞。包涵体性结膜炎,与沙眼的主要不同在于,滤泡以下穹窿部和下睑结膜显著,没有角膜血管翳,可以通过实验室检查,即针对不同衣原体抗原的单克隆抗体和免疫荧光检测,鉴别其抗原血清型,从而与之鉴别。巨乳头性结膜炎,结膜乳头可与沙眼性滤泡相混淆,但有明确的角膜接触镜佩戴史。
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